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農工黨北京市委現有4個區委:東城區委、西城區委、朝陽區委、海淀區委。5個區工委:豐臺區工委、石景山區工委、大興區工委、門頭溝區工委、通州區工委。4個基層委員會:中科院委員會、醫科院委員會、北京大學委員會、清華大學委員會。6個總支:鋼研總支、房山區總支、中國中醫科學院東直門總支、順義區總支、昌平區總支、生態環境總支,以及9個市委會直屬支部委員會。
農工黨北京市委下設16個專門工作機構。其中專門工作委員會13個,即醫藥衛生工作委員會、健康北京建設工作委員會、美麗北京建設工作委員會、科技創新工作委員會、教育工作委員會、經濟金融工作委員會、綠色發展工作委員會、社會和法治工作委員會、文化工作委員會、婦女工作委員會、聯絡工作委員會、人口均衡發展工作委員會、青年工作委員會;以及高層協商專家委員會、理論研究委員會、社會服務委員會。
農工黨北京市委機關共設五個處室:辦公室、組織處、宣傳處、參政議政處、社會服務處。